1995년 신림교회 여신도의 관악노회 재판국에 고소로 시작된 사건이 표면화 되면서 교회분쟁의 시작되었다.(추종자들은 사건의 진실을 안믿으려 했다)
12월 31일 안양 갈멜산기도원에서 교회정상화를 위한기도 시작했다.
교회분쟁 문제가 발생했을 때, 노회의 영향력 있는 일부 지도자들이 지연 학연이나 정치적으로 문제를 풀려하지 않고, "주님의 몸된 교회의 거룩성 회복"을 위해 지혜를 모았더라면, 아픔이 이토록오래 가지는 않았을 것이다.
1996년 05월 30일, 김00 목사 "자의 사임" 후 미국으로 출국했다. 07월 김00 목사 귀국, 담임목사 권(權) 행사로 교회 분란이 교인 간에 지지와 반대로 표면화 되고, 설교권을 장악한 김00 목사는 지지교인들과 함께 자신을 반대하는 성도들을 강제로 교회출입을 저지하여 교회가 분열의 길을 걷게 되었다. 08월 교회출석을 할 수 없는 성도들은 주변의 여러 교회를 방황하게 되었다.
1997년 01월 02일 위기의식을 느낀 교인들이 뜻을 모아 이광희 장로 가정에서 함께 모여 기도회를 시작 했다. 01월 16일 김00 목사가 교회소속 서울관악노회 재판국에서 목사 면직이 되었다. 00교회 피해 여신도가 노회재판국에 고소하여 재판이 시작되었음), 07월 08일 김00 목사 총회 재판국에서 상소, 재판결과는 목사면직확정 되다.
07월 20일 김00씨와 추종하는 교인들은 관악노회와 본 예장통합 교단을 탈퇴했다.
강제력이 없는 총회교재판을 악용하며 교우들을 부추기는 불법점거를 계속하는 측을 상대로 지루한 사법쟁송을 시작하다.
1차 소송 : 1998년 03월12일 서울노회유지재단을 원고로 김00씨 외 5인 건물명도 소송이 제기 했은나 “총유판결”로 재판이 무의미하게 되어 교회가 정상화되지 못하였다.
2차소송: 2006년 4월20일 대법원 전원합의판결로 교회법 우선이 실현되었으나 건물명도 소송은 1차 소송이 있었기에 김00씨와 15인의 장로를 상대로 출입금지 소송을 하게 되었다. 법원은 목사면직은 인정하면서, 설교나 목회는 할 수 없으되 교인으로서 출입은 가능하다는 판결을했다.
3차소송 : 김00씨와 16인의 장로를 상대로 출입금지 소송을 제기하여 원고가 유리하게 되자 탈퇴를 주장하던 피고가 탈퇴를 하지 않았고, 교단교리와 교육을 그대로 실시하고 있다는 주장에 대해 허위임을 증명하자, 피고는 유치권을 예비적 주장으로 추가하면서 원고의 교회반환청구가 없음으로 원고가 패소하다.
1차소송: 총유판결, 2차소송: 목사면직확정, 3차소송: 교회,노회,교단 탈퇴확인. 4차소송: 교인총회 결의소집 절차에 흠이 있고, 피고의 교인들의 집단이탈 하여 교회 건물에 대한 사용수익권이 상실되었지만,
피고의 유치권 주장으로 교회의 반환청구가 없음으로 기각 패소판결한 건을 유치금 공탁과 피고교회를 상대로 건물명도 소송을 제기하여, 1,2,3심의 내용을 포괄한 대법관의 일치된 의견으로 원심을 확정승소 판결로 기나긴 사건이 종결 되었다.
2017년 11월 30일
우여곡절 끝에 난곡신일교회 건물은 명의를 넘겨받았으나 교회 성물 훼손이 심각하였다.
2017년 12월 02일(토) 꿈에도 그리든 본 성전에서 음향기기를 임대하여 교회당 인수 감사예배를 드렸다.
2017년 12월 03일 12월 첫째 주 예배를 본 성전에서 1부 2부 3부와 오후 찬양예배까지 드렸다.
교회설비와 성물이 심하게 회손 되어 더 이상 정상적인 예배가 어렵다고 판단되어, 당회는 긴급하게 리모델링 공사를 의논하여 공사를 마치기까지 둘째 주 부터 제2성전(근처)에서 예배하기로 했다.
12월10일 둘째 주부터 전 교우들은 이름표를 착용하고 상호 자신을 알리는 봉사를 하였다. 이때 까지 교회를 점유했던 측이 예배당건물 명도소송에서 패하여 떠나는 김00 목사 측에 합류하지 않고, 남은 교인이 약 400 여명이었다.
분쟁당사자인 두 개의 공동체가 합해지다 보니, 자신이 누구인지 알리기 위해 12월부터 2개월 간 유치원생처럼 신급과 이름이 적힌 “큰 이름표”를 가슴에 달고 교회활동을 하는 진풍경을 연출하면서도 분쟁교회가 교회(무리)가 하나 되는 기쁨을 공유하였다.
2018년 03월 11일 명도패소 측의 교회를 떠나지 않고 남은 자를 위한 항존직자(안수집사28명, 권사47명)의 신급 보장을 위한 재신임 투표를 실시하여 투표자의 94％의 절대적인 찬성으로 양측의 통합의 기틀을 다지게 되었다.
04월 01일
부활주일에 맞추어 본 성전 리모델링 공사를 약14억5천 만 원의 예산으로, 승강기 신설과 창호(창)교체 상하수도, 위생 석면제거 음향 냉난방 등 총체적 대보수 공사를 마치고 입당했다.
04월 15일
주일 17시에 항존직자의 신급회복을 위한 임직예식과 창립50년 기념과 21년 간의 광야생활을 결별하는 회복감사예배를, 림인식 전 총회장, 김순권권 전총회장, 장세윤, 오정호, 이규곤 전 노회장과 이정규 노회장, 이경희 부노회장 및 다수 노회원들과 외부 인사들이 교인들과 함께 회복 감사예배를 하나님께 드렸다.
2018년 09월,
<날자미정> 에 양측통합 1대 항존직자(장로, 안수집사, 권사) 선출을 위한 투표를 통합 1대에 한하여 양측 동수로 선출하기로 한 계획이 성취되면, 아무도 가 보지 못한 마음과 뜻을 하나님께로 모으는 통합의 역사성취를 기록하게 될 것이다.
난곡 신일교회가 여기까지 인내 할 수 있도록 인도하신 하나님께 감사를 올려 드리게 된 것은 기도와 물심양면으로 도움을 주고 헌신했던 많은 사람들이 있었다. 법정투쟁에서 계속된 죄절이 있었지만, 00 로펌을 만나면서 그들이 기대 이상으로 헌신적으로 대응해 주었다. 변호사 비용을 마련하기 위한 장로들의 헌신과 교인들의 협력은 가시적 결과를 낳았다.
